協同創新中心實行理事會指導下的主任負責制，理事會作為協同創新中心的決策機構，由高等學校、科研院所、行業主管部門、需求方等各單位的代表共同組成，協同負責創新中心重大工作事項決策。理事會設理事長1名，副理事長4名、理事15名，秘書長1名。其中理事長、副理事長采用推選制，由中心成員法定代表人或主要領導擔任。