協同創新中心以“人員靈活流動、資源開放共享”為基本準則，以“優勢科研資源的最優利用”為導向搭建靈活高效的管理模式。協同創新中心體制機制建設以團結協作、資源共享、深度融合為方針，形成多元融合的創新載體，促進交叉學科的發展，有效提升協同創新能力。
協同創新中心的運行以具體的研究任務為驅動，研究方向按需進行動態調整，中心按照任務內容緊密融合、分工協作、聯合攻關。
協同創新中心按特區制進行管理，內部政策及改革措施不局限于學校原有的體制機制框架，突破制約學校創新能力提升的內部機制障礙，打破與其他創新主體間的體制壁壘，充分釋放人才、資源、信息、技術等方面的活力。
在國際合作方面，本著“高起點、高水準、有特色”的原則，積極吸引國際創新力量和資源，集聚世界一流專家學者參與協同創新，合作培養國際化人才，推動與國外高水平大學、科研機構等建立實質性合作。
在持續發展方面，通過機制體制改革創新，匯聚融合創新資源和要素，形成有利于協同創新和解決國家重大需求的可持續發展能力，創造出一批重大協同創新成果，成為國家科技創新、人才培養的重要基地和示范中心。
- 突破大學與其他創新主體間的壁壘，形成人才、學科、科研三位一體的創新能力
- 開創人才引進與管理創新機制，形成本領域世界頂尖的創新團隊
